IWC Schaffhausen ha alle spalle una storia turbolenta. L'idea che portò alla fondazione della marca fu dell'orologiaio ed ingegnere americano Florentine Ariosto Jones, il quale visse a Boston tra il 1841 e il 1916 e ricoprì una posizione di rilievo presso l'azienda di orologi E. Howard & Company.
F.A. Jones puntava a coniugare le moderne tecniche di lavorazione statunitensi con il savoir faire artigianale svizzero. Il giovane americano incontrò in Svizzera l'industriale Johann Heinrich Moser, che possedeva una fabbrica di orologi e un impianto idroelettrico a Sciaffusa, nelle vicinanze del fiume Reno.
Nel 1868, Jones affittò alcune stanze nella fabbrica di Moser e fondò la International Watch Company. Poco più tardi egli costruì il proprio stabilimento. Nonostante il costo del lavoro in Svizzera fosse relativamente basso, IWC generava poco fatturato. La domanda rimaneva bassa; a ciò si aggiungevano le tasse di esportazione negli Stati Uniti. L'azienda fallì e la fabbrica di Jones venne acquisita dalla banca commerciale di Sciaffusa, che nel 1874 trasformò IWC in una società per azioni.
Dopo un nuovo concorso indetto nel 1880, lo svizzero Johannes Rauschenbach acquistò l'azienda: per IWC ciò segnò l'inizio di un periodo di stabilità. Per più generazioni, l'azienda rimase nelle mani della stessa famiglia, seppur con denominazioni diverse; per un certo periodo di tempo fu azionista di IWC perfino il celebre psicoanalista C. G. Jung. Nel 1929 egli cedette la sua quota al cognato Ernst Jakob Homberger, che prese le redini dell'azienda. Nel 1955 gli succedette il figlio Hans Ernst Homberger, ultimo membro della famiglia Rauschenbach ad influire sulle sorti di IWC.
La crisi del quarzo e un divario sempre maggiore tra il valore dell'oro e il prezzo del dollaro furono alla base della decisione di Hans Ernst Homberger di vendere l'azienda in Germania nel 1978. IWC diventò parte della compagnia VDO Adolf Schindling AG, nota per i suoi tachimetri per automobili. Nello stesso anno VDO aveva incorporato un'ulteriore nota manifattura svizzera, Jaeger-LeCoultre. Quando nel 1991 VDO si fuse con la multinazionale Mannesmann, entrambe le manifatture orologiere si ritrovarono sotto lo stesso tetto. Nel 2000 la compagnia telefonica Vodafone acquistò il gruppo Mannesmann e vendette IWC, Jaeger-LeCoultre e Lange Uhren GmbH (A. Lange & Söhne) di Glashütte alla multinazionale di beni di lusso Richemont, a cui IWC appartiene ancora oggi. Fanno parte di Richemont anche brand come Panerai e Baume & Mercier.